La situación estratégica de Irurtzun ha hecho que haya sido escenario de numerosos enfrentamientos bélicos participando en muchas guerras a lo largo de la historia.

Fueron muchos los moros que se alojaron en Irurtzun durante la edad media.

Se ha solido denominar «Batalla de Irurzun» a la sostenida por roncaleses, defensores del reino navarro, y castellanos, invasores del mismo, en el paso de Ozkia en 1512 durante la guerra entre el reino de Navarra y Castilla. En esta batalla las tropas castellanas, al mando del Duque de Alba, penetraron en Navarra y vencieron a los roncaleses en Irurzun.

Durante la guerra de la convención contra Francia, el enemigo invadió Irurtzun por un día, el 26 de noviembre de 1794, regresando y conquistando el pueblo el 6 de julio del siguiente año.

Las penalidades que sufrió Irurtzun en aquel año fueron incalculables, los franceses privaron a la población de grano y paja para su ganado y propagaron una epidemia de tifus por todo el pueblo siendo muchos los vecinos que murieron.

En la edad media en algún lugar de las «Peñas Dos Hermanas» se ubicaba un castillo medieval llamado Aizita.

Puede ser que el nombre Aizita proceda del antiguo nombre de las Dos Hermanas «Haitzbitarte».

En el siglo XVIII las Dos Hermanas fueron denominadas Peñas de Agita.

Hoy, en cambio, el nombre de estas peñas en euskara viene a ser Bihaizpe oBihaizpea.

Dicho castillo, denominado también Agita fue derruido en 1415 y sus alrededores fueron despoblados en 1421.

Este castillo formaba parte del cinturón defensivo de Navarra que prevenían de cualquier posible agresión de los vecinos castellanos, aragoneses o franceses.

Una causa que propicio el desarrollo de este pueblo fue la favorable accesibilidad de Irurtzun.

Situado en un punto neurálgico de comunicaciones no podemos dejar pasar de largo, en este recorrido por la historia, al ferrocarril conocido popularmente como el «Plazaola».

El día 1 de Enero de 1914 se inauguró solemnemente la línea Pamplona-San Sebastián, servida por este ferrocarril de vía estrecha.

En 1929 esta línea comenzó a ser deficitaria por lo que después de las inundaciones de 1953, que destruyeron parte del trazado, no se reanudó el servicio.